1899年10月，东澳海关正式使用，负责监管往来于香港与广东西部沿海城镇的华籍民船及其所载的货物，征收鸦片税厘，百货常关税、经费和厘金。辛亥革命以后，民国政府于1917年停止了鸦片贸易，海关也常受海盗滋扰，来报关的船只日益减少，1919年5月31日，经总税务司批准，宣布闭关，原办理手续的船只改往拱北马骝洲分关办理。

抚今追昔，东澳岛海关遗址的断壁残墙和破瓷碎瓦，它缩影了近代中国的国门和外贸经济所走过的路。